Thành phố Hồ Chí Minh là tên gọi chính thức từ tháng 7 năm 1976 khi được Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam đổi tên từ Sài Gòn. Hiện nay, tên gọi Sài Gòn vẫn được dùng phổ biến và được nhắc đến như tên bán chính thức của thành phố này.

Địa danh Sài Gòn trên 300 năm và từng được dùng để chỉ một khu vực với diện tích khoảng 1 km² (Chợ Sài Gòn) có đông người Hoa sinh sống trong thế kỷ 18. Địa bàn đó gần tương ứng với khu Chợ Lớn ngày nay.

Năm 1747, theo danh mục các họ đạo trong Launay, Histoire de la Mission Cochinchine, có ghi chép "Rai Gon Thong" (Sài Gòn Thượng) và "Rai Gon Hạ" (Sài Gòn Hạ).

Theo Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn viết năm 1776, năm 1674, Thống suất Nguyễn Dương Lâm vâng lệnh chúa Nguyễn đánh Cao Miên và phá vỡ "Lũy Sài Gòn" (theo Hán Nho viết là "Sài Côn"). Đây là lần đầu tiên chữ "Sài Gòn" xuất hiện trong tài liệu Việt Nam. Vì thiếu chữ viết nên chữ Hán "Côn" được dùng thế cho "Gòn". Nếu đọc theo Nôm là "Gòn", còn không biết đó là Nôm mà đọc theo chữ Hán thì là "Côn".

Sau đó, danh xưng Sài Gòn được dùng để chỉ các khu vực nằm trong lũy Lão Cầm (năm 1700), lũy Hoa Phong (năm 1731) và lũy Bán Bích (năm 1772), chỉ với diện tích 5 km².

Ngày 11 tháng 4 năm 1861, sau khi chiếm được thành Gia Định, Phó Đô đốc Léonard Charner ra nghị định xác định địa giới thành phố Sài Gòn (tiếng Pháp: Ville de Saigon) bao gồm cả vùng Sài Gòn và Bến Nghé. Đến ngày 3 tháng 10 năm 1865, quyền thống đốc Nam Kỳ, chuẩn đô đốc Pierre Roze đã ký nghị định quy định lại diện tích của thành phố Sài Gòn chỉ còn 3km2 tại khu Bến Nghé cũ, đồng thời cũng quy định thành phố Chợ Lớn (tiếng Pháp: Ville de Cholon) tại khu vực Sài Gòn cũ. Từ đó tên gọi Sài Gòn chính thức dùng để chỉ vùng đất Bến Nghé, và tên Chợ Lớn để chỉ vùng Sài Gòn cũ. Sau năm 1956, tên gọi Sài Gòn được dùng chung để chỉ cả hai vùng đất này.