Hanoi's War là tên của một sách sử của bà được xuất bản vào tháng Bảy năm 2012, một cuốn sách đầu tay. Ngoài các tài liệu thu thập từ các văn khố quốc gia của nhiều nước, cuốn “Hanoi's War” của Giaó sư Nguyễn thị Liên Hằng độc đáo ở chỗ nó dựa trên một số tài liệu chưa từng được khai thác từ văn khố của Bộ Ngoại giao Việt Nam ở Hà Nội. Sách này đã được trao Giải Edward M. Coffman 2012, một giải thưởng có uy tín được đặt tên theo một nhà sử học quân đội nổi tiếng người Mỹ. Trong khi đa số các sử gia tập trung nghiên cứu các lý do nguyên thủy dẫn tới sự can thiệp của Hoa Kỳ và tiến trình Mỹ hóa chiến tranh Việt Nam, sử gia Liên Hằng xem xét bối cảnh quốc tế của cuộc chiến, cách giới lãnh đạo miền Bắc theo đuổi chiến tranh, và thời điểm kết thúc sự can thiệp của người Mỹ.[1]

Theo Giáo sư Hằng, trên thực tế ông Hồ Chí Minh chỉ đóng vai trò biểu tượng trong khi ông Lê Duẩn mới là nhân vật ngự trị trên Đảng Cộng sản Việt Nam, và là kiến trúc sư, chiến lược gia cũng như người lãnh đạo các nỗ lực chiến tranh của miền Bắc. Cùng với cánh tay mặt của ông, là ông Lê Đức Thọ, ông Lê Duẩn cai trị chế độ miền Bắc với một bàn tay sắt, và coi ông Hồ Chí Minh và Đại tướng Võ Nguyên Giáp, một người hùng cách mạng khác, là những đối thủ, là mối đe dọa lớn nhất đối với quyền hạn của ông ở Hà Nội. Và cũng chính ông Lê Duẩn đã gạt ông Hồ Chí Minh và Tướng Giáp cùng với các ủng hộ viên sang một bên, trong khi làm hầu hết các quyết định quan trọng nhất trong cuộc chiến.[1]

Theo nhà báo Bùi Văn Phú, cuốn sách có tiểu tựa "Lịch sử Quốc tế của cuộc chiến cho Hòa Bình ở Việt Nam" là vì đây không phải chỉ là cuộc chiến tranh giữa Việt Nam và Hoa Kỳ, mà có sự tham dự của cả Trung Quốc và Liên Xô trong bối cảnh chiến tranh lạnh, của xung đột Trung-Xô. Trong ba thành phần người Việt, bên cạnh Việt Nam Cộng hoà và Mặt trận Giải phóng miền Nam, chính "Hà Nội đã đóng vai chủ động trong các công tác tiến hành chiến tranh hoặc đến bàn hội nghị."[3]

Về việc bà được sử dụng các tài liệu từ văn khố của Bộ Ngoại giao ở Hà nội, Giáo sư Liên Hằng cho biết: "...về cơ bản lúc đó cả 3 văn khố chủ yếu của Việt Nam là văn khố của Đảng Cộng Sản, văn khố của quân đội, và văn khố của Bộ Ngoại giao đều cấm, không cho học giả tham khảo, dù là người nước ngoài hay người Việt Nam. Chỉ có các giới chức làm việc trong các bộ liên hệ mới được tham khảo tài liệu, nhưng tới những năm 2000 thì đã có một số thay đổi về chính sách đối với người Việt hải ngoại. Việt Nam mở cửa rộng hơn để đón các học giả từ các cộng đồng người Việt ở nước ngoài. Họ muốn thu hút Việt Kiều, và tôi đã nắm ngay lấy cơ hội.”